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医科・歯科クリニック向けお役立ち情報
INFORMATION
クリニック・開業医のための
税務お役立ち情報
医科・歯科クリニックの税務でご相談の多いテーマを、記事と無料の計算ツールにまとめています。開業前の準備から、開業後の所得税・消費税、医療法人化の検討まで、いまのご状況に近いところからお読みください。
まず押さえたい3本
クリニックの税務を考えるうえで、押さえておきたいテーマです。
いま読まれています令和8年の基礎控除・給与所得控除令和8年分の控除額と、年末調整・源泉徴収事務への影響を確認できます。 おすすめ記事医師・歯科医師の概算経費（措置法26条）について社会保険診療報酬が5,000万円以下、かつ医業・歯科医業の収入金額が7,000万円以下の場合に選べる特例。実額経費と比べて判断します。 おすすめ記事クリニックの医療法人化のタイミング「所得◯万円を超えたら」という一律の基準では決まりません。何を見て判断するかを解説します。
① 開業前
開業を考えている先生へ
開業の準備段階と、開業してすぐに決める必要があることをまとめています。
●クリニック開業で税理士はいつから必要？物件を決める前か、後か。依頼する時期で相談できる内容が変わります。 ●青色申告の主なメリット最高65万円の控除、赤字の繰越、専従者給与。適用の要件と、開業時に出す届出の期限に注意が必要です。 ●クリニックのインボイス制度保険診療が中心なら登録が不要な場合もあります。自費の内容と相手先で判断が分かれます。 ●医師の確定申告（複数勤務・副業）勤務先が複数ある、当直やスポットの収入がある場合の申告の考え方です。
② 開業後
日々の税務・節税
毎年の所得税・消費税と、使える制度の検討材料です。
診療報酬と消費税
●医師・歯科医師の概算経費（措置法26条）社会保険診療報酬5,000万円以下、かつ医業・歯科医業の収入金額7,000万円以下が要件。実額経費との有利不利は毎年変わります。 ●事業税の社会保険診療報酬非課税とは？保険診療の所得には事業税がかかりません。自由診療・自賠責・労災は課税。納税通知書を見直す3つの確認点も解説します。 ●クリニックの消費税で迷う7場面自費診療、物販、健診、予防接種。課税・非課税の線引きを場面ごとに整理しました。 ●消費税の簡易課税についてみなし仕入率で計算する方法。選ぶと原則2年間は変更できない点に注意が要ります。 ●決算予測のタイミングについて納税額を決算後に知るのでは遅い。6か月前と2か月前に見通しを立てる進め方です。
使える制度・共済
●小規模企業共済のメリット・デメリット掛金が全額所得控除になる退職金制度。対象は個人開業医で、医療法人の役員では加入できません。早期に解約した場合の元本割れも押さえておきます。 ●倒産防止共済のメリット・デメリット個人開業医は掛金を必要経費にできます（医療法人は加入できません）。受け取る解約手当金は収入になるため、出口まで含めた検討が要ります。 ●開業医とiDeCo掛金の上限は加入区分で変わります。小規模企業共済との併用も含めて考えます。 ●賃上げ促進税制とは？スタッフの給与を増やした年に、増加額の一部を税額から差し引ける制度です。 ●青色事業専従者給与とは？配偶者や親族への給与を必要経費にできます。事前の届出と、労務の対価として相当な金額であることが要件です。
個人の所得税
●家事按分とは？経費にできる費目と計算方法自宅と兼用の家賃・光熱費や通信費、車の費用など、事業と私用が混ざる支出のうち経費にできる部分の分け方です。 ●累進課税とは？日本の所得税の仕組み所得が増えるほど税率が上がる仕組み。医療法人化を考える出発点になる知識です。 ●ふるさと納税の上限金額の確認方法上限は所得と家族構成で決まります。当事務所の試算ツールでも確認できます。 ●医療費控除について対象になる支出とならない支出。セルフメディケーション税制との選択も解説します。 ●令和7年の基礎控除・給与所得控除令和7年分に適用される控除額の改正内容をまとめています。 ●令和8年の基礎控除・給与所得控除令和8年分の控除額と、年末調整・源泉徴収事務への影響を確認できます。
③ 法人化
医療法人を考えている・運営している先生へ
法人化するかどうかの判断材料と、設立後の運営で出てくる論点です。
●クリニックの医療法人化のタイミング所得水準だけでは決まりません。社会保険料や将来の承継まで含めて判断します。 ●医療法人設立のメリット・デメリット必ず有利になるわけではありません。両面を並べて比べられるようにしています。 ●医療法人の決算期の決め方設立時に決める決算期は、あとから変えるのに手間がかかります。選び方の考え方です。 ●医療法人の社宅について理事長の住まいを法人で借りる方法。賃料相当額の計算を誤ると給与課税になります。 ●養老保険の福利厚生プランとは？死亡保険金は遺族、満期保険金は法人が受け取る契約で、保険料の半額を損金にできる形。特定の役員・従業員だけを対象にすると給与扱いになります。 ●医療法人の交際費等の経費処理法人の交際費等は、税務上、損金に算入できる範囲に制限があります。会議費との区分と、必要な記録の残し方です。
医療法人化が必ず有利とは限りません。所得水準、社会保険料、役員報酬、退職金、将来の承継まで含めて総合的に判断します。数年分の試算で比べたうえでご提案しますので、検討の段階からご相談ください。
無料の税務計算ツール
医療機関ならではの計算に対応したツールです。登録不要・その場で計算できます。
医療機関向け概算経費 計算ツール社会保険診療報酬の額から概算経費を自動計算。実額との有利不利判定まで出ます。 医療機関向け消費税 計算方式シミュレーション本則課税と簡易課税、どちらが有利か。課税方式ごとの目安を比較できます。 医療機関向け医療機器の減価償却 計算ツール医療機器の耐用年数を反映して、毎年の減価償却費を計算します。 医療機関向け社会保険診療報酬の源泉徴収税額 計算ツール支払基金・国保連からの診療報酬にかかる源泉徴収税額を計算します。
このほか、給与計算・賞与計算・社宅賃料相当額・預金利息の源泉徴収税額・ふるさと納税上限・法定耐用年数表からの減価償却・中古資産の耐用年数のツールもあります。
ご相談の前に
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