クリニックの税理士に関するよくある質問

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Q1医科・歯科どちらにも対応していますか？

A.どちらにも対応しています。代表は歯科医業に特化した税理士法人で7年、税理士法人の医療部門で3年の経験を経て開業し、現在は医科・歯科あわせて40件以上のクリニック・医療法人を担当しています。診療科ごとの収益構造の違い（自由診療の比率、医療機器の投資規模、スタッフ構成など）を踏まえてご案内します。

Q2個人開業のクリニックでも依頼できますか？

A.はい。関与先の多くは個人開業の診療所・歯科医院です。所得税の確定申告に加え、措置法26条（概算経費）の有利判定、青色申告の各種制度、将来の医療法人化の見通しまで、個人開業ならではの論点を一緒に整理します。

Q3医療法人でも対応できますか？

A.対応しています。法人税の申告のほか、役員報酬の設定、社会保険料を含めた手取りの試算、都道府県への事業報告書等の作成・提出など、医療法人特有の年間スケジュールに沿ってサポートします。資産総額の変更登記は司法書士の業務ですので、必要な決算資料を連携している司法書士にお渡しして進めます。

Q4記帳を自院で行っている場合でも依頼できますか？

A.ご依頼いただけます。自院で入力されている場合は、当事務所が内容を確認し、医療機関特有の処理（保険診療の未収計上、窓口収入と自費収入の区分、消費税の区分など）を中心に補正・助言する形になります。記帳から当事務所で行うことも可能で、どちらの場合も月額顧問料の中でご提案します。

Q5クラウド会計に対応していますか？

A.マネーフォワード クラウド、freee に対応しています。銀行口座やカード、レセコンの入金データを取り込み、月次の数字を早めに確認できる体制づくりをお手伝いします。導入時の初期設定や科目の整理も当事務所で行います。

Q6現在の税理士から変更できますか？

A.可能です。切り替えの時期は決算後や年始が一般的ですが、期中でも引き継ぎはできます。前任の税理士から受け取る資料（申告書控え、総勘定元帳、固定資産台帳など）はこちらでリストにしてお渡ししますので、先生ご自身で細かい手配をしていただく必要はありません。前任への連絡の仕方も含めてご相談ください。

Q7決算直前でも相談できますか？

A.ご相談いただけます。ただし、直前ですと選べる対策は限られます。当事務所では通常、決算の6か月前と2か月前に税額の予測を行い、設備投資の時期や納税資金の準備を間に合ううちにご提案しています。役員報酬は原則として期首から3か月以内にしか変更できないため、決算前の予測は翌期の報酬設計にも使います。まずは現状をお聞かせください。

Q8どのくらいの利益になったら医療法人化を検討すべきですか？

A.一般には事業所得（専従者給与や減価償却費を差し引いた後の利益）が1,500万円〜2,000万円程度を超えてくると、法人化の効果が出やすいと言われます。ただし、ご家族への給与、借入金の残高、将来の分院や承継の予定によって結論は変わります。金額だけで判断せず、先生の状況で試算したうえで検討されることをお勧めします。詳しくはクリニックの医療法人化のタイミングをご覧ください。

Q9医療法人化すると必ず節税になりますか？

A.必ずではありません。所得税と法人税の税率差で有利になる一方、理事長の社会保険料の負担、法人の維持コスト、剰余金の配当ができないこと、解散時の残余財産の扱いなど、不利になる要素もあります。当事務所では、これらを含めて、院長個人が使える資金と法人に残る資金を分けたうえで数年分を比較してから結論を出します。詳しくは医療法人設立のメリット・デメリットをご覧ください。

Q10医療法人設立にはどのくらい期間がかかりますか？

A.東京都の場合、設立認可申請の受付は年2回で、事前審査（仮申請）の提出から認可書の交付までおおむね6か月かかります。認可後に設立登記、保健所への法人診療所の開設許可・開設届と個人診療所の廃止届、厚生局への保険医療機関の新規指定申請（要件を満たせば遡及指定）が続くため、準備開始から法人としての診療開始までは1年前後を見ておくと安心です。自治体によってスケジュールが異なりますので、個別にご案内します。

Q11医療法人化のシミュレーションはできますか？

A.できます。直近の申告内容をもとに、所得税・住民税・事業税と法人税・役員報酬にかかる税金、社会保険料、退職金の準備、法人の維持コストを織り込んで、個人のままの場合と法人化した場合を比較します。院長個人が生活に使える資金と法人に残る資金は分けてお示しします。この試算は代表税理士が直接行います。

Q12行政書士として認可申請にも対応できますか？

A.対応しています。代表は税理士と行政書士の両方の登録があり、都道府県への設立認可申請書類の作成・提出、その後の保健所や厚生局への手続き書類まで一貫して進められます。税務と申請を別々の専門家に頼む手間がなく、数字と書類の整合も取りやすくなります。

Q13登記についてはどうなりますか？

A.法人設立登記の申請書類の作成と申請は司法書士の業務ですので、当事務所が連携している司法書士と協力して進めます。認可書の受領後、司法書士に渡す資料の取りまとめとスケジュール調整は当事務所が窓口になりますので、先生が複数の専門家と個別にやり取りする必要はありません。

Q14開業前から相談できますか？

A.開業前からのご相談をお勧めしています。物件の賃料や内装、医療機器の投資額が固まる前に収支の見通しを立てておくと、借入の額や返済期間を無理のない形にできます。事業計画書の作成や金融機関との面談への同席も行っています。詳しくはクリニック開業で税理士はいつから必要かをご覧ください。

Q15開業時に必要な税務手続きは何ですか？

A.主なものは、個人事業の開業届、青色申告承認申請書、給与を支払う場合の給与支払事務所等の開設届、給与の支給人員が常時10人未満の場合の源泉所得税の納期の特例の承認申請です。期限はそれぞれ異なり、青色申告承認申請書は1月16日以後の開業なら開業日から2か月以内、1月15日までの開業ならその年の3月15日までが原則です。当事務所で一式を作成し、期限を管理してお出しします。

Q16保健所や厚生局の手続きについても相談できますか？

A.ご相談いただけます。保健所への診療所開設届（個人開設は開設後10日以内。医療法人の開設は事前の開設許可が必要）、地方厚生局への保険医療機関の指定申請、必要に応じて生活保護法や自立支援医療の指定医療機関の申請など、開業時に必要な許可・届出を整理し、行政書士としてスケジュール管理と書類作成をお手伝いします。

Q17開業資金や設備投資について相談できますか？

A.はい。日本政策金融公庫や民間金融機関からの借入に向けた事業計画書の作成、自己資金と借入のバランス、医療機器をリースにするか購入するかの比較など、開業時の資金面を一緒に検討します。開業後の資金繰りを見据えて、返済負担が重くなりすぎない計画をご提案します。

Q18設備投資の前に相談できますか？

A.購入を決める前のご相談をお勧めします。レントゲンやCT、ユニット、電子カルテなどは、耐用年数の判定や特別償却・税額控除の適用可否によって、手元に残る金額が変わります。購入日ではなく実際に使い始める日が償却の起点になるため、導入時期を決算の前後どちらにするかも含めて、税額と資金繰りの両面から試算します。目安は医療機器の減価償却計算ツールでも確認できます。

Q19決算前に税額予測をしてもらえますか？

A.顧問契約の中で行っています。決算の6か月前に実績をもとに着地を予測し、2か月前に再確認して、納税額の見込みと対策をお伝えします。納税資金を早めに準備でき、決算後に想定外の税額に慌てるリスクを減らせます。予測後に業績が大きく動いた場合は、その都度お伝えします。詳しくは決算予測のタイミングについてをご覧ください。

Q20節税の相談はできますか？

A.できます。ただし、税金を減らすこと自体を目的にした対策はお勧めしていません。設備投資や退職金の準備、共済の活用など、クリニックの経営に必要な支出を適切な時期に行うことで結果として税負担を抑える、という考え方でご提案します。効果とリスクを数字でお示ししたうえで、先生に判断していただきます。

Q21小規模企業共済や経営セーフティ共済について相談できますか？

A.ご相談いただけます。小規模企業共済は、常時使用する従業員が5人以下などの要件を満たす個人開業の先生の退職金準備に使えます（医療法人の役員は加入できません）。経営セーフティ共済（中小企業倒産防止共済）は、掛金を経費にしながら資金を積み立てる手段ですが、こちらも医療法人は加入できず、令和6年10月以後に解約して再加入した場合は2年間の掛金が経費になりません。加入資格と資金の使いみち、解約時の税負担まで含めてご説明します。詳しくは小規模企業共済のメリット・デメリット、倒産防止共済のメリット・デメリットをご覧ください。

Q22消費税について相談できますか？

A.医療機関の消費税は、社会保険診療が非課税、自由診療や物販が原則課税という区分に加え、保険外でも出産・助産など非課税になる取引があるため、収入の内容ごとに判定が必要です。課税事業者になるかどうかの見極め、簡易課税と本則課税の有利判定、インボイス制度への対応まで対応します。詳しくはクリニックの消費税で迷う7場面をご覧ください。消費税計算方式シミュレーションツールで概算を試すこともできます。

Q23措置法26条について相談できますか？

A.対応しています。社会保険診療報酬が年5,000万円以下、かつ医業・歯科医業の総収入が年7,000万円以下などの要件を満たす個人の先生が、社会保険診療分の経費を実額に代えて概算経費率で計算できる制度です（自由診療分の経費は別に計算します）。実額経費との有利不利は年によって変わるため、当事務所では毎年の申告時に必ず比較して適用を判断しています。詳しくは医師・歯科医師の概算経費（措置法26条）についてをご覧ください。概算経費計算ツールもご利用いただけます。

Q24給与計算にも対応していますか？

A.オプションサービスとして承っています。毎月の給与計算、賞与計算、年末調整、源泉所得税の納付書の作成、法定調書や償却資産の申告まで対応します。スタッフの入退職が多いクリニックでも、勤怠データをいただければ当事務所で処理します。

Q25社会保険や労務の相談もできますか？

A.ご相談は承ります。社会保険や雇用保険の手続き、就業規則の作成などは社会保険労務士の業務ですので、必要に応じて連携している社会保険労務士と協力して対応します。給与体系の設計や人件費の見通しなど、税務と労務が重なる部分は当事務所が窓口となって整理します。

医療機関の税務は、決めてしまってからでは選べる方法が限られることが少なくありません。設備を買うべきか、法人化すべきか、税理士を替えるべきか、まだ迷っている段階でも構いません。初回相談は無料です。現状をお聞きしたうえで、必要なことだけをお伝えします。