医師の確定申告（複数勤務・副業の申告）

常勤先に加えて非常勤やスポットのアルバイト、講演・執筆などの副収入がある勤務医の方は、「自分も確定申告が必要なのか」「経費はどこまで認められるのか」と迷いがちです。申告のルールを知らないまま放置すると、納めすぎた税金を取り戻せなかったり、逆に申告漏れでペナルティを受けたりします。この記事では、確定申告が必要になる医師のケース、経費にできるもの、使える控除まで、順を追って解説します。

勤務医は勤務先の年末調整で納税が完結する人が多いですが、次のいずれかに当てはまる場合は自分で確定申告が必要です。まずはご自身がどれに当てはまるか確認しましょう。

 

給与を2か所以上から受けている場合

常勤先とは別に、非常勤やスポットのアルバイトで給与を受け取っている勤務医は確定申告が必要になります。年末調整は「主たる勤務先」1か所でしか行えず、非常勤先の給与は年末調整に反映されないためです。たとえば常勤の病院で年末調整を受けていても、週1回のバイト先の給与は精算されていません。この場合、年末調整されなかった給与とその他の所得の合計が20万円を超えると申告義務が生じます。複数のクリニックを掛け持ちしている勤務医は、ほぼ全員が対象と考えてください。

 

副業・雑所得が20万円を超える場合

給与以外の副収入、たとえば講演料・原稿執筆料・産業医報酬・医療監修料などの合計が年間20万円を超える場合も確定申告が必要です。この「20万円」は収入額ではなく、収入から経費を引いた後の所得金額で判定します。少額のスポット収入でも積み重なると20万円を超えることが多いため、年末に一度合計を確認しておくと安心です。

 

医療費控除・ふるさと納税など還付を受けたい場合

申告義務がなくても、確定申告をすると税金が戻る（還付される）ケースがあります。年間の医療費が一定額を超えた場合の医療費控除、ふるさと納税をワンストップ特例なしで行った場合、住宅ローンを組んだ初年度などです。これらは会社員と同じく年末調整では処理されないため、自分で申告しないと還付を受けられません。「申告が必要」ではなく「申告すると得をする」ケースとして押さえておきましょう。

 

主たる給与収入が2,000万円を超える場合

主たる勤務先からの給与収入が年間2,000万円を超える勤務医は、勤務先で年末調整が行われません。そのため副業の有無にかかわらず、自分で確定申告をする必要があります。役職に就いている勤務医や大学病院の教授職などが該当しやすいケースです。

勤務医の収入は「どこから・どんな名目で受け取るか」で税金の扱いが変わります。申告の前に、自分の収入がどのパターンかを整理しておきましょう。

 

常勤＋非常勤（アルバイト）の給与

もっとも多いのが、常勤先の給与に加えて非常勤先からも給与をもらうパターンです。どちらも「給与所得」に区分され、両方の源泉徴収票を合算して申告します。給与所得には収入に応じた「給与所得控除」が自動で差し引かれるため、実額の経費計算は原則不要です。ただし非常勤先の給与は源泉徴収の税率が高めに設定されていることが多く、申告することで納めすぎた分が還付されるケースもあります。

 

当直・スポット・原稿料・講演料などの副収入

スポットの当直バイトは給与として支払われることが多い一方、原稿料・講演料・医療監修料などは「雑所得」に区分されるのが一般的です。雑所得は収入から実際にかかった経費を差し引いて所得を計算します。たとえば講演のための交通費や資料作成費は経費にできます。給与と雑所得は計算方法が違うため、支払元から受け取る書類（源泉徴収票か支払調書か）で見分けるとわかりやすいです。

 

産業医・健診など業務委託の収入

産業医や健診業務などを「業務委託」の形で継続的に請け負っている場合、その収入は「事業所得」になることがあります。事業所得は経費を幅広く計上でき、青色申告を選べば最大65万円の特別控除も使えます。ただし、事業所得として認められるには「反復・継続・独立して行う事業」といえる実態が必要です。単発の副収入は雑所得、継続的な業務は事業所得と、区分の判断が節税に直結します。

「学会費や白衣代を経費にしたい」という声はよく聞きますが、経費にできるかどうかは所得区分によって大きく変わります。給与所得と、雑所得・事業所得に分けて見ていきます。

 

給与所得者でも使える「特定支出控除」

給与所得は原則として実額の経費を引けませんが、例外が「特定支出控除」です。これは仕事に必要な支出が一定額を超えたとき、超えた分を給与所得から差し引ける制度です。医師の場合、学会の参加費・研修費、医学書などの図書費、資格に関する費用、勤務に使う白衣やスーツ代などが対象になり得ます。ただし控除できるのは「特定支出の合計額が、給与所得控除額の2分の1を超えた部分」に限られ、ハードルは高めです。さらに、支出について勤務先の証明書が必要になる点にも注意が必要です。

 

業務委託・事業所得なら経費にできる範囲

産業医報酬や継続的な監修料などを事業所得（または雑所得）で申告する場合は、収入を得るためにかかった費用を経費にできます。具体的には、業務先までの交通費、専門書・資料代、パソコンや通信費、打ち合わせの費用などです。給与と違い実額で経費を引けるため、同じ副収入でも所得区分によって手取りが変わります。

 

間違えやすい「経費にならない」支出

経費にできるのは「その収入を得るために直接必要だった支出」に限られます。私的な飲食や家族旅行、スーツでも私生活と兼用のもの、常勤先の給与に対応する支出などは、副収入の経費にはできません。プライベートと仕事が混在する支出（自宅兼用の通信費など）は、業務で使った割合分だけを按分して計上します。「なんでも経費」と考えると、税務署の指摘を受けて追徴課税につながるおそれがあります。

副収入がある勤務医は、使える控除を漏らさず適用するだけで税負担が変わります。

 

勤務医が使いやすい控除

給与所得の勤務医でも、次の控除は申告することで税負担を減らせます。

• 医療費控除：家族分を合算し、年間の医療費が10万円（総所得金額が200万円未満の人は総所得の5％）を超えた部分を控除
• ふるさと納税（寄附金控除）：自己負担2,000円で返礼品を受け取れる。医師は所得が高く控除枠も大きい
• iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）：掛金が全額所得控除。企業年金のない勤務医の上限は月2.3万円（今後引き上げ予定）
• 住宅ローン控除・セルフメディケーション税制：初年度の住宅ローン控除や、対象医薬品の購入も申告で還付対象になる

これらは所得が高い医師ほど、同じ控除額でも戻る税金が大きくなります。

必要な書類さえそろえれば、申告そのものは難しくありません。準備から提出までの流れを確認します。

 

用意する書類

まず手元にそろえる書類は次のとおりです。

• 源泉徴収票：常勤先・非常勤先すべての分（勤務先ごとに発行されます）
• 支払調書：講演料・原稿料・産業医報酬など、給与以外の副収入の分
• 控除証明書：iDeCo・生命保険料・小規模企業共済・ふるさと納税の寄附金受領証明書など
• 経費の領収書：業務委託の経費や、特定支出控除に使う学会費・図書費の領収書
• マイナンバーカードと口座情報（還付金の受取口座）

非常勤先の源泉徴収票は、年末調整の時期に自動で届かないことがあります。もらい忘れると申告できないため、早めに各勤務先へ依頼しておきましょう。

 

申告の流れと提出方法

申告は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」やe-Tax（電子申告）で作成・提出するのが主流です。マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、自宅から提出まで完結します。さらにマイナポータル連携を使うと、源泉徴収票・保険料控除証明書・ふるさと納税の情報などを自動で取り込めるため、入力の手間とミスを減らせます。書面で提出する場合は、税務署へ郵送または持参します。

 

提出期限と納税のスケジュール

確定申告の提出・納税の期限は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです（土日祝にあたる場合は翌開庁日）。この期間に申告と納税の両方を済ませる必要があります。還付申告（税金が戻る申告）は、この期間に関係なく対象年の翌年1月1日から5年間提出できます。納税は口座振替（振替納税）やスマホアプリ納付なども選べます。期限を過ぎると加算税や延滞税がかかるため、書類は年明け早めにそろえ始めるのが安心です。

「少額だから」「忙しくて後回し」で申告を怠ると、本来より重い税金がかかります。放置のリスクと、専門家に頼む目安を押さえておきましょう。

 

無申告加算税・延滞税のリスク

期限までに申告しなかった場合、本来の税金に加えて「無申告加算税」が上乗せされます。税率は納付すべき税額のうち50万円までは15％、50万円を超える部分は20％が原則です。さらに、納付が遅れた日数に応じて「延滞税」もかかります。税務調査の前に自分から申告すれば加算税が軽くなる場合もあるため、間違いに気づいたら放置せず対応することが大切です。

 

税務署から「お尋ね」が来るケース

副収入があるのに申告していないと、税務署から「お尋ね」という確認の文書が届くことがあります。講演料や産業医報酬などは、支払った側が税務署に支払調書を提出しているため、収入は把握されていると考えてください。「バレないだろう」と申告しないでいると、後から数年分をまとめて指摘され、加算税・延滞税を含めて大きな負担になります。副収入は正しく申告するのが、結果的に一番負担の少ない選択です。

 

税理士に依頼する目安

副収入が少額で給与だけなら、確定申告書等作成コーナーで自分で対応できます。一方、業務委託の経費計算が必要、所得区分の判断に迷う、将来の開業や法人化を見据えたいといった場合は、税理士に依頼するメリットが大きくなります。特に、経費の範囲や所得区分は判断を誤ると追徴課税につながるため、副収入が増えてきたタイミングが相談の目安です。開業を考え始めた勤務医であれば、早めに税理士とつながっておくと、その後の資金計画や法人化の検討もスムーズです。

勤務医の確定申告について、必要なケースから節税策までを解説しました。重要なポイントを整理します。

• 給与が2か所以上、副収入が20万円超、主たる給与が2,000万円超のいずれかに当てはまる勤務医は確定申告が必要である
• 医療費控除・ふるさと納税・iDeCoなどは、申告することで税金が戻る場合がある
• 同じ副収入でも「給与」か「業務委託」かで経費を引けるかが変わり、手取りに差が出る
• 所得区分の判断や経費計上を誤ると、追徴課税につながるおそれがある
• 申告漏れには無申告加算税・延滞税がかかり、副収入は税務署に把握されていると考えるべきである

今すぐ取り組めるステップ

1. 常勤先・非常勤先すべての源泉徴収票と、副収入の支払調書を集める
2. 医療費・ふるさと納税・iDeCoなど、使える控除の証明書を確認する
3. 業務委託の副収入がある人は、かかった経費の領収書を月ごとにまとめておく
4. 判断に迷う所得区分や経費があれば、確定申告の期限前に税理士へ相談する

当事務所は医療機関専門の税理士事務所として、日々の記帳から確定申告、6か月ごとの決算予測まで一貫してサポートしています。副収入の申告や経費の判断、将来の開業・法人化を見据えた税務のご相談まで、お気軽にお問い合わせください。

※2026年7月3日時点の情報です。税制改正により内容が変わる場合があります

 

Q1. 副業の収入が20万円以下なら本当に申告しなくていい？
所得税の確定申告は不要な場合がありますが、住民税の申告は別途必要です。

Q2. 医師のバイト代から引かれている源泉徴収だけで完結しない？
完結しません。非常勤先の給与は年末調整されず源泉税も高めのため、申告で精算すると納めすぎた税金が戻るケースがあります。

Q3. 開業前の勤務医のうちからやっておくべき節税は？
iDeCoやふるさと納税の活用、副収入の経費・領収書の記録が有効です。早めに税理士とつながると開業後の資金計画もスムーズです。