個人診療所から医療法人へ｜
税負担・社会保険料・役員報酬まで比較した支援事例

ご相談時の状況

開業後、売上と所得が増加し、医療法人化を検討されていました。周囲から「そろそろ法人化した方がよい」と勧められる一方で、「法人化すれば必ず節税になるのか」「社会保険料まで含めると本当に有利なのか」「役員報酬はいくらにすべきか」といった点が整理できていない状況でした。

個人事業のままでは、所得が増えるほど税負担が重くなることは実感されていましたが、法人化した後に何が変わるのかを、数字で確認したことはありませんでした。

ご相談いただいた主な課題

• 個人診療所を続けた場合と、医療法人化した場合の税負担の比較
• 個人診療所の時点と法人化後とで、院長・従業員それぞれの社会保険の適用関係と保険料がどう変わるか
• 役員報酬をいくらに設定するか
• 将来の退職金の扱い
• 法人を維持するためのコスト（税理士報酬の増加、事業報告など）
• 医療法人の設立認可申請の手続きと、誰が進めるのか

当事務所で行ったこと

まず、直近の所得、家族構成、借入、今後の設備投資の予定、診療の見通しを確認しました。そのうえで、個人診療所を継続した場合と医療法人化した場合について、所得税・法人税だけでなく、社会保険料（個人診療所の時点の加入状況と、法人化後の院長・従業員それぞれの適用関係を分けて）、役員報酬、退職金、法人維持コストまで含めて、数年分の負担を比較する試算を作成しました。

役員報酬は複数のパターンを置き、法人に残る利益と個人の手取り、社会保険料の変化を並べて確認しました。設備投資の予定は、個人のまま行う場合と法人設立後に行う場合の違いも含めて整理しています。

試算の結果を院長と一緒に確認し、法人化を進める方針が決まった後は、東京都が公表する設立の手引と申請受付の日程を確認して希望する時期から逆算し、当事務所が行政書士として都道府県への設立認可申請を担当しました。設立登記は連携する司法書士が、社会保険の手続きは連携する社会保険労務士が担当し、当事務所が連絡調整の窓口となりました。

判断する際に重視したポイント

支援後の変化

数年分の試算を確認したうえで、医療法人化を進める方針となりました。試算から設立認可申請まで同じ窓口で進められたため、院長は必要な資料の準備に集中できました。

法人設立後も引き続き税務顧問として、月次会計の確認と決算6か月前・2か月前の納税予測を支援しています。役員報酬は定期同額給与の要件を踏まえ、改定は原則として事業年度開始から3か月以内に検討します。個人と法人のお金の区分がはっきりし、納税額の見込みとその前提を決算前に共有して納税資金を準備する体制になりました。

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