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高額な医療機器を買う前の５つの確認（中野区）

医療税務10年以上｜医療機関40件以上を継続支援｜重要な判断は代表税理士が直接関与

中野区で医科クリニックを続けていると、いずれ設備の入れ替え時期がきます。レントゲン、エコー、電子カルテ。一台で数百万円になる買い物です。ところが購入した後になって、耐用年数の判定が違っていた、使えると思っていた優遇制度が対象外だった、ということが起こります。この記事では、中野区の医科クリニックが高額な医療機器を買う前に確認しておきたい5つのポイントを整理しました。判断を誤らないための順番がわかります。

中野区の医科クリニックと設備投資

中野区は住宅地と商業地が混ざり合う地域です。中野駅周辺では再開発が進む一方、鷺ノ宮・都立家政・野方といった西武新宿線沿線は落ち着いた住宅街が広がります。こうした地域では、地域のかかりつけ医として長く診療を続けるクリニックが多く、患者さんとの関係も長期にわたります。

中野区は診療所の数が多く、同じ診療科が近隣に複数あることも珍しくありません。設備を更新するかどうかは、税金だけでなく、地域のなかで診療を続けるための判断にもなります。

長く続けるほど避けて通れないのが、設備の入れ替えです。レントゲン装置、超音波診断装置、電子カルテ。医科クリニックの機器は一台で数百万円になります。開業時にまとめて揃えた機器が、10年前後で更新の時期を迎えます。

この設備投資が、そのまま税金の額を左右します。同じ300万円の機器でも、耐用年数を何年と判定するかで、その年に経費にできる金額が変わります。優遇制度が使えるかどうかでも変わります。ところが、購入して支払いを済ませた後では、選べる方法がほとんど残っていません。

当事務所は練馬区関町北、西武新宿線の武蔵関駅から徒歩3分にあります。鷺ノ宮・都立家政・野方といった中野区の西武新宿線沿線は、武蔵関から乗り換えなしで一本です。関与先への訪問で日常的に足を運ぶ地域です。設備投資の相談は、機器を選んでいる段階でお受けするほど選択肢が多く残ります。

医療機器の耐用年数を間違えやすい理由

耐用年数は、国が定めた表（耐用年数省令の別表）で決まります。自由に決められるものではありません。ところがこの表が医療機関にとって読みにくく、慣れていないと行を取り違えます。

建物と建物附属設備は別に考える

診療所を建てたり、テナントを内装工事したりすると、まず「建物」と「建物附属設備」に分けます。電気設備、給排水設備、空調設備は建物附属設備で、建物本体とは別の耐用年数を使います。

間違えやすいのは建物の方です。別表第一の建物には用途ごとに行があり、病院用は飲食店用とは別の行にあります。近くに並んでいるため、1行ずれたまま計算してしまう例があります。年数が変われば毎年の償却額が変わり、税額もずれます。

医療機器そのものは建物ではなく器具備品です。「医療業用の機械装置」という区分は存在しないため、機械装置の表を探しても見つかりません。ここで迷う方が多い箇所です。

据置型と移動式で年数が変わる機器

同じ名前の機器でも、形態によって耐用年数が変わります。別表第一の器具及び備品には「医療機器」の区分があり、そのなかにレントゲンその他の電子装置を使用する機器という項目があります。

• 移動式のもの、救急医療用のもの、自動血液分析器：4年
• その他のもの：6年

カタログに「移動式」と書かれていない機器を移動式として処理すれば、償却が早く進みすぎます。逆に移動式なのに据置型として扱えば、本来その年に計上できた経費を取りこぼします。どちらも後から気づいても、過去の申告に遡って直す手間がかかります。

購入前に見積書と仕様書を用意して確認すれば、この取り違えは起きません。当事務所では、機器の名称と仕様から耐用年数を確認したうえで、購入年度にいくら経費になるかを試算しています。

自分でも確かめたい場合は、医療機関向け 減価償却費 概算ツールをご利用ください。CT・エコー・オートクレーブ・電子カルテといった現場の呼び方で検索でき、複数の機器をまとめて年別の償却費として計算できます。

40万円未満なら少額減価償却資産の特例を検討

高額な機器は何年もかけて償却しますが、金額が小さいものは買った年に全額を経費にできます。医科クリニックで揃える備品はこの境目に集中するため、金額の区分を知っているだけで納税額が変わります。

令和8年度改正で30万円から変わった

少額な資産の扱いは、取得価額によって3段階に分かれます。

注意したいのは一番下の枠です。令和8年度の税制改正で、これまでの「30万円未満」から40万円未満に引き上げられました。対象となるのは令和8年4月1日以後に取得したものです。インターネット上の解説記事や書籍には「30万円未満」と書かれたものがまだ多く残っています。古い基準のまま判断すると、本来その年に経費にできた機器を何年もかけて償却することになります。

この特例を使うには青色申告であることが条件です。開業したばかりで申請を出していない場合は使えません。

年間300万円の上限と対象外になる場合

金額が40万円未満なら何台でも、というわけではありません。1年間の合計で300万円までという上限があります。年度の途中で上限に達すると、それ以降に買った機器は通常どおり償却します。

年末近くに何台もまとめて購入すると、この上限に引っかかります。買う時期を年度をまたいで分けるだけで、経費にできる金額が変わることがあります。

規模によっては特例そのものが使えません。令和8年4月1日以後に取得する場合、常時使用する従業員数が400人を超える法人は対象から除かれます。医療法人の場合は、この要件に当てはまらないか先に確認します。

適用期限は令和11年3月31日までの取得です。期限が近づくと駆け込みで購入が集中しますが、必要のない機器を期限のために買えば、手元の資金が減るだけです。

制度の詳細は国税庁のNo.5408 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例で確認できます。

中古の医療機器を買うときの耐用年数

新品でなく中古の機器を導入することもあります。ディーラーの中古品、閉院したクリニックから譲り受けた機器、リース満了品などです。中古資産は、新品と同じ耐用年数を使いません。すでに使われた分だけ短い年数で償却できます。

年数の求め方は、原則として「あと何年使えるか」を見積もります。ただし実際には見積もりが難しいため、簡便法という計算方法が認められています。

• 法定耐用年数をすべて過ぎている中古品：法定耐用年数 × 20%
• 一部だけ経過している中古品：（法定耐用年数 − 経過年数）＋ 経過年数 × 20%

計算した年数に1年未満の端数が出れば切り捨て、2年を下回る場合は2年とします。

たとえば法定耐用年数6年の機器を、5年使われた状態で購入した場合。（6年 − 5年）＋ 5年 × 20% ＝ 2年となり、2年で償却できます。新品で買えば6年かけるところが2年で経費にできるため、購入年度の税額への影響は大きくなります。

ただし例外があります。中古資産を事業に使うために支出した資本的支出の額が、取得価額の50%を超える場合、簡便法は使えません。中古の機器を買って整備し直す予定があるなら、整備費用も含めて先に確認します。

経過年数は、機器の製造年月ではなく前の所有者が使い始めた時期で数えます。譲り受ける際は、いつから使われていたかがわかる資料をもらっておくと計算が正確になります。詳しい取扱いは国税庁のNo.5404 中古資産の耐用年数に示されています。

年数の見当をつけたい場合は中古資産の耐用年数 計算ツールで試算できます。取得日と法定耐用年数を入れると簡便法で見積耐用年数が出ます。

医療用機器の特別償却は使えるか

「設備投資には税制の優遇がある」と聞いて、医療機器も対象になると考える院長は少なくありません。ところが医療機器は、一般の設備投資向けの優遇制度から外れます。ここを取り違えたまま購入すると、期待していた減税が受けられません。

まず押さえておきたいのは、医療機器が税務上器具備品に分類される点です。中小企業投資促進税制では、原則として器具備品は対象資産に含まれません。また、中小企業経営強化税制でも、医療保健業を行う事業者が取得する医療機器は対象から除外されています。理由は制度ごとに異なりますが、結果としてどちらも医療機器には使えないのが原則です。制度の内容は国税庁のNo.5434 中小企業経営強化税制で確認できます。

一般企業向けの設備投資の記事を読んで「うちも使える」と判断すると、ここでずれます。

医療機関で実際に検討できるのは、医療用機器の特別償却です。一定の医療用機器を取得して事業に使った場合に、通常の減価償却に加えて取得価額の一定割合を上乗せして経費にできます。

• 取得価額が1台または1基で500万円以上であること
• 対象は高度な医療の提供に資するもの、または薬機法（医薬品医療機器等法）の指定を受けてから2年以内の医療機器
• 特別償却の割合は取得価額の12%

対象になる機器はあらかじめ定められており、高額なものすべてが該当するわけではありません。購入を決める前に、その型番が対象に入っているかを確認する必要があります。取得価額の判定は通常1単位として取引される単位ごとに行い、本体と同時に設置して一体で使う附属機器があれば、それを含めて判定できます。

もう一つ見落とされやすいのが、電子カルテやレセプトコンピュータです。これらは機器ではなくソフトウェアとして扱われるため、医療機器とは別の枠で検討します。医療機器が対象外だったからといって、電子カルテまで諦める必要はありません。

制度には適用期限が定められており、認定や証明書の取得に時間がかかるものもあります。機器を発注してから調べ始めると、要件を満たす手続きが間に合わないことがあります。

リースと購入はどちらが有利か

高額な機器は、購入とリースのどちらでも導入できます。ディーラーからは両方の見積もりが出てくるはずです。月々の支払額だけを見ると比較しにくいため、判断の観点を整理します。

支払総額はリースの方が大きくなります。リース料には金利や手数料に相当する分が含まれるためです。一方で、購入すればまとまった資金が一度に出ていきます。手元の資金を残せる点はリースの利点です。開業後まもない時期や、他の投資を控えている時期は、総額の差より資金繰りを優先する判断もあります。

税務の扱いも変わります。リースは契約の形態によって処理が分かれ、所有権移転外リース取引に該当する場合は、税務上は売買があったものとして扱います。この場合、資産として計上し、リース期間定額法で償却します。

見落としやすいのが、前の章で触れた特別償却との関係です。所有権移転外リース取引で取得したリース資産には、特別償却の適用がありません。特別償却を使うつもりなら、リースにした時点で使えなくなります。契約形態を決める前に確認してください。

消費税の面も、医科クリニック特有の事情があります。保険診療は消費税が非課税です。そのため課税売上の割合が低いクリニックでは、機器の購入やリースで支払った消費税のうち、控除できる金額が限られます。自由診療の比率によって結論が変わるため、一般的な事業者向けの記事の説明がそのまま当てはまりません。この点はクリニックのインボイス制度｜保険診療と自由診療の違いは？で整理しています。

判断の順番としては、まず特別償却などの優遇を使うかどうかを決め、次に資金繰りを見て、最後に総額を比較します。逆の順番で進めると、決めた後に選択肢が消えていることがあります。

中野区で医科に強い税理士へ相談する

設備投資の相談は、機器を選んでいる段階が最も選択肢が多く残っています。見積書が揃った時点であれば、耐用年数の確認、少額の特例が使える金額かどうか、特別償却の対象機器か、リースと購入のどちらにするか、すべてをまとめて検討できます。契約後や決算後に相談を受けても、できることは限られます。

医科クリニックの設備投資は、一般の事業とは判断の材料が違います。相談先を選ぶときは、次の点を確認してください。

• 医療機器を器具備品として耐用年数表から正しく引けるか
• 保険診療が非課税であることを踏まえて消費税の影響を説明できるか
• 医療機器が投資促進税制・経営強化税制の対象外であることを把握しているか
• 購入前の段階で、購入年度の税額まで試算した数字を出せるか

最初の2点は医療機関に特有の論点で、医療機関の顧問経験の有無が、そのまま判断の精度に表れる部分です。

当事務所は練馬区関町北、西武新宿線の武蔵関駅から徒歩3分にあります。鷺ノ宮・都立家政・野方といった中野区の西武新宿線沿線は、武蔵関から乗り換えなしで一本です。関与先への訪問で日常的に足を運ぶ地域なので、資料を持ち寄っての打ち合わせにも対応できます。

今すでに顧問税理士がいて、設備投資の判断だけ別の目で見てほしい場合は、セカンドオピニオンとしてのご利用もできます（月額5,000円〜・税抜）。契約を切り替える前に、判断の妥当性だけを確認する使い方です。

初回のご相談は無料です。月額顧問料は30,000円〜（税抜）で、記帳から確定申告、6か月ごとの決算予測まで対応しています。

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【まとめ】中野区の医科の設備投資を解説しました

中野区の医科クリニックが高額な医療機器を購入する前に、押さえておきたい点を整理しました。

今すぐ取り組める手順は次のとおりです。

1. ディーラーから見積書と仕様書を取り寄せる（型番と、移動式か否かがわかるもの）
2. 型番をもとに、耐用年数と特別償却の対象機器かを確認する
3. 取得価額が40万円未満か、その年の300万円の枠がまだ残っているかを確認する
4. リースと購入のどちらにするかを、優遇制度・資金繰り・総額の順で判断する
5. ここまで決めてから発注する

順番を逆にして先に発注すると、2と4で選べたはずの選択肢がなくなります。迷った段階で数字を試算しておけば、購入年度の税額まで見通したうえで決められます。

よくある質問（FAQ）

※2026年9月12日時点の情報です。