練馬区で医科に強い税理士の選び方｜
税理士に相談すべき５つのお金の話

医療税務10年以上｜医療機関40件以上を継続支援｜重要な判断は代表税理士が直接関与

練馬区でクリニックの開業を予定している先生や、すでに開業していて税理士の変更を検討している先生の中には、「医療に詳しい税理士をどう選べばいいのか」「何をどこまで頼めるのか」と迷われる方も多いのではないでしょうか。クリニックのお金は、数千万円の医療機器の減価償却や、保険診療の入金が2か月遅れる資金繰りなど、一般の会社とは動き方が違います。この記事では、練馬区のクリニックが税理士に相談すべき5つのお金の話を、顧問料の相場や選び方まで含めて解説します。読み終えるころには、相談先を選ぶ基準がはっきりします。

練馬区でクリニックの税理士が必要な理由

練馬区の人口は2026年8月1日現在752,884人で、65歳以上の割合は22.0%です。2025年3月末時点で区内には602か所の一般診療所があります（出典：練馬区「世帯と人口総括表」、「令和7年版 事業概要（健康部）」）。人口規模が大きく医療機関も多い地域だからこそ、開業後は診療だけでなく資金繰り・人件費・設備投資まで含めた経営管理が重要になります。クリニックの経営は、診療の腕とお金の管理がまったく別の仕事です。開業医は診療のプロですが、税金や資金繰りは専門外のことがほとんどです。ここでは、なぜクリニックに税理士が必要なのかを、一般の会社との違いから説明します。

一般の会社と違うクリニック特有のお金の動き

クリニックのお金は、飲食店や小売店とは動き方が違います。開業時に数千万円の医療機器や内装にお金がかかり、その多くを借入でまかないます。売上は保険診療が中心で、単価は国が決めるため自分では上げられません。つまり「大きな初期投資を、決まった単価の診療で何年もかけて返していく」という構造です。この構造を理解して数字を組み立てられるかどうかで、開業後の経営の安定感が変わります。一般企業の顧問経験しかない税理士だと、この特殊さに対応しきれないことがあります。

保険診療は入金が2か月遅れる

クリニックの資金繰りで最初につまずくのが、保険診療の入金の遅れです。現役世代では原則として医療費の3割を窓口で負担し、残りは審査支払機関（社会保険なら支払基金、国保なら国保連合会）を通じて後で医療機関に支払われます。窓口負担割合は年齢や所得などによって異なります。この入金は、診療した月のおよそ2か月後です。4月に診療した分の審査支払機関からの入金は6月ごろ、というイメージです。開業直後はこの2か月分の入金がまだ無い状態で、スタッフの給料や家賃、借入返済の支払いが先に来ます。ここで手元資金が尽きると、黒字でも経営が回らなくなります。この入金サイクルを前提に資金計画を立てられる税理士が、クリニックには必要です。

クリニックの税務で税理士が見る3つのポイント

クリニックの税務には、一般の会社では出てこない論点があります。税理士がとくに注意して見る3つのポイントを説明します。

高額な医療機器の減価償却

医療機器は、買った年に全額を経費にできません。CTやレントゲン、電子カルテ、内視鏡などは高額なため、法律で決まった年数（耐用年数）に分けて少しずつ経費にします。これが減価償却です。たとえば耐用年数6年の機器を購入したら、その代金を6年に分けて経費にしていきます。ここで大事なのは、借入の返済ペースと経費になるペースがずれる点です。返済は数年で終わっても、経費化はもっと長く続く、あるいはその逆もあります。このズレを読み違えると「利益は出ているのに現金が無い」状態になります。中古で買う、リースにする、購入時期をずらすといった選び方で税額も資金繰りも変わるため、機器の購入前に税理士へ相談する価値があります。

スタッフ人件費と資金繰り

クリニックは、看護師・医療事務・技師などスタッフを雇うため、人件費が経費の大きな割合を占めます。人を雇うと、給料そのものだけでなく、社会保険料の事業主負担（健康保険・厚生年金保険は原則として労使で負担します）や、源泉所得税の預かりと納付、年末調整といった手続きが毎月・毎年発生します。スタッフが増えるほどこの事務作業は重くなります。給与計算に対応し、社会保険手続きについても必要に応じて社会保険労務士と連携できる税理士であれば、院長やご家族が事務に取られる時間を減らせます。人件費は資金繰りにも直結するため、採用のタイミングを数字で一緒に考えられるかどうかも大切です。

自由診療と保険診療の区分

診療には、保険がきく保険診療と、自費でうける自由診療があります。医科クリニックでも、健康診断やワクチン、美容・自費のうち一部などは自由診療にあたります。この2つは消費税の扱いが違います。保険診療は原則として消費税が非課税ですが、自由診療は原則として課税売上となります。自由診療等の課税売上がある場合は、基準期間の課税売上高や特定期間、インボイス登録の有無などによって、消費税の申告・納税が必要になることがあります。どこまでが非課税でどこからが課税かの線引きを正しくしないと、納税額を間違えたり、あとから指摘を受けたりします。診療内容ごとに区分して記帳できる体制を整えることが、正しい申告の土台になります。窓口負担金・健診・予防接種・診断書など収入ごとの判定はクリニックの消費税で迷う7場面｜非課税・課税・控除の判定で、納税義務の判定は国税庁No.6501 納税義務の免除で確認できます。

クリニックの税理士の顧問料の相場

税理士に頼むうえで、いちばん気になるのが顧問料です。相場の目安と、料金だけで選ぶと損をする理由を説明します。

顧問料の目安と決まり方

税理士の顧問料は、売上規模と依頼する業務の範囲で決まります。一般的な形は、月額の顧問料に加えて、決算・申告のときにまとまった料金がかかるというものです。クリニックの場合、月額の顧問料はおおむね月3万円〜、決算料は顧問料の4〜6か月分程度が一つの目安です。料金の差は、記帳を自分でするか税理士に任せるか、給与計算や年末調整まで頼むか、訪問の頻度はどれくらいか、といった業務範囲で生まれます。まずは「何を頼みたいか」を整理すると、見積もりを比べやすくなります。

料金だけで選ぶと損をする理由

顧問料は安いほどよいと考えたくなりますが、クリニックでは金額だけで選ぶと後悔することがあります。医療機関の税務は、機器の減価償却や保険診療の資金繰り、自由診療の消費税など専門的な論点が多く、経験の浅い税理士だと対応に時間がかかったり、節税や資金繰りの提案が出てこなかったりします。数千円の顧問料の差より、医療機器の買い方や医療法人化の判断ひとつで動く金額のほうがずっと大きいのが実情です。料金は「同じ業務範囲で比べる」ことが大切で、そのうえで医科クリニックの実務がわかる税理士を選ぶと、結果として税務・資金繰りの両面でより適切な判断につながります。

練馬区でクリニックの税理士を選ぶポイント

税理士は一度契約すると長い付き合いになります。練馬区でクリニックの税理士を選ぶときに確認したい2つのポイントを説明します。

医科クリニックの実務経験があるか

いちばん大切なのは、医科クリニックの実務経験があるかどうかです。医療機関の税務は、機器の減価償却、保険診療の入金サイクル、自由診療の消費税など、経験がないと勘所がつかめない論点ばかりです。ホームページや面談で「クリニックの顧問先がどれくらいあるか」「開業支援の経験があるか」を確認しましょう。あわせて、事務所が近くにあるか、相談しやすい距離かも見ておくと安心です。練馬区や近隣に拠点があり、地域の医療事情をわかっている税理士なら、開業後も相談しやすくなります。

当事務所は医科・歯科クリニックの開業支援を専門に行っています。事業計画の作成や資金調達支援、金融機関との面談準備、社労士と連携した労務手続きまでサポートしますので、練馬区・武蔵関・西東京での開業準備に関するご相談はお気軽にお問い合わせください。

練馬区で実際にご依頼いただいている先生の声

医療法人化まで相談できるか

もう一つのポイントは、開業後の医療法人化まで見据えて相談できるかです。クリニックが軌道に乗って利益が増えると、医療法人にしたほうが税金の面で有利になる場面が出てきます。ただし医療法人化には都道府県知事への認可申請など専門的な手続きが必要で（練馬区は東京都「医療法人設立の手引」）、税理士だけでは完結しないこともあります。税理士と行政書士の両方に対応できる事務所なら、税務の判断から設立手続きまで一つの窓口で進められます。開業のときから将来の法人化まで見通して相談できる相手を選ぶと、あとで税理士を変える手間がなくなります。

医療法人化を検討するタイミング

クリニックが順調に成長すると、次に考えるのが医療法人化です。いつ検討すべきか、判断の目安を説明します。

個人と法人の税率の違い

個人の開業医にかかる所得税は、もうけが多いほど税率が上がる累進課税です。所得が増えると、住民税とあわせて最高で約55%まで上がります。一方、医療法人では個人とは税率や所得計算の仕組みが異なるため、所得が大きくなってきた場合には法人化が有利になるケースがあります。ただし、役員報酬の額、社会保険料、法人住民税・事業税、家族構成、将来の利益、退職金などによって有利不利は変わります。累進課税のしくみについては、あわせて「所得税の累進課税のしくみ」の記事も参考にしてください。

医療法人化を考える利益の目安

課税所得が高くなってきた場合には、医療法人化を検討する価値があります。課税所得1,800万円前後を一つの検討目安とするケースもありますが、実際には院長個人の生活費、借入の状況、家族への役員報酬の分散、社会保険料の負担など複数の要素で最適なタイミングは変わります。法人化には設立の手間や社会保険の加入義務などのコストもあるため、数字だけで判断せず、医療機関に詳しい税理士とシミュレーションして決めるのが確実です。検討を始める時期については「医療法人化のタイミング」の記事でくわしく解説しています。

【まとめ】練馬区でクリニック開業と税理士のお金の話を解説しました

練馬区でクリニックを開業する先生と、すでに開業していて税理士の見直しを考えている先生に向けて、税理士に相談すべき5つのお金の話を解説しました。要点は次のとおりです。

まずは「税理士に何を頼みたいか」を書き出し、そのうえで医科クリニックの実務がわかる税理士に無料相談で見積もりを取ってみましょう。開業前の早い段階で相談するほど、資金計画や機器の買い方で選べる選択肢が広がります。

よくある質問（FAQ）

※2026年9月12日時点の情報です。